1580, tout le centre du japon est occupé par les troupes du redoutable seigneur Oda Nobunaga. Seul le village d’Iga, peuplé d’irréductibles ninjas, résiste encore à l’envahisseur.

C’est là que vit paisiblement Hana Attori, au sein de l’établissement très fermé qui forme au métier de ninja : l’École ninja d’Iga. Mais lorsque sa sœur et son père sont assassinés, elle décide de quitter son village pour entrer en guerre clandestine contre le Seigneur Oda. Accompagnée de son ami Goro, de Fumo, le vieil artificier, et de Shifu, le sorcier poltron, elle organise ses plans...

La première étape sera de mettre à mal l'indienne Choki et sa terrifiante armée. Mais gare aux squelettes et aux chiens morts vivants tapis dans l’ombre !...