Les forces du bien et du mal s'opposent sur de multiples fronts, alors que démarre un nouveau cycle.

Le quotidien de Casey Jones va de mal en pis à la maison, poussant Raphaël à une dangereuse intervention - maître Splinter décide donc de donner à ce dernier une nouvelle leçon de savoir-vivre, en lui enseignant les vraies valeurs ninja.
Les Tortues ont une nouvelle mission, mais les ambitions de Shredder pourraient y mettre fin prématurément : quel sombre secret cache-t-il, y compris à son propre clan ?
C’est l’heure du changement !