Jason Aaron débute sa carrière de scénariste professionnel en 2001, à l'occasion d'un concours d'écriture organisé par Marvel sur le titre Wolverine.
C'est en 2006 qu'il publie son premier récit majeur chez Vertigo – The Other Side (avec Cameron Stewart) –, sélectionné pour les Eisner Awards.
Un premier pas remarqué qui précède la création de la série qui lui vaudra une large reconnaissance critique et publique : Scalped, titre régulier, co-créé avec le dessinateur R.M. Guéra. En 2007, Aaron écrit la destinée de Ghost Rider pour Marvel et participe également à Secret Invasion, aux côtés de David Lapham (Black Panther), tout en inscrivant Scalped parmi les plus grands succès du label Vertigo. Pour l'éditeur Marvel, il développe le personnage de Wolverine avec, entre autres la série régulière Wolverine: Weapon X. Il collabore également au récent Avengers Vs X-Men.
Jason Aaron vit actuellement à Kansas City, en Alabama.